工作单位不能私自长期保存职员体检报告，离职时应归还。依据《劳动合同法》等，体检报告属个人隐私，公司仅可在员工在职期间基于管理需要保留，长期保存或不当使用侵犯员工隐私权，可能导致法律纠纷及赔偿。
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对于职员体检报告，公司应合理保存并在离职时归还。处理方式包括：制定公司政策明确保存与归还流程，确保隐私保护；员工可自行复印留底，确保个人权益。选择时需考虑法律合规与员工隐私平衡。
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公司不应私自保存体检报告。1.公司在员工入职时收集体检报告，应明确告知员工报告用途及保存期限。2.体检报告应妥善保管，防止信息泄露，仅用于员工健康管理及入职审核。3.员工离职时，公司应主动归还体检报告原件，或提供复印件并销毁原件。4.如员工需个人留存，可在体检后自行复印。