业主在顶楼私自盖房是违法的。依据《土地管理法》等，土地规划和使用由国务院统一监管，私自建房违反此规定。不及时处理，可能导致安全隐患、邻里纠纷及法律处罚。
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私自盖房违法。处理方式：1. 立即停止违建，向相关部门自首；2. 若已建成，配合调查，接受处罚，如拆除或缴纳罚款；3. 如涉及诉讼，积极应诉，提供证据，争取减轻责任。
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业主私自盖房，常见处理是拆除违建并罚款。选择处理方式时，应考虑违建性质、影响及法规要求，确保合法合规。